Παρά την αρχική συμφωνία των εκπροσώπων του νοσοκομείου, στην πορεία διατυπώνονταν επιφυλάξεις και αντιδράσεις από το Σωματείο Εργαζομένων και στη συνέχεια και από το ΔΣ.
Οι αντιδράσεις αφορούσαν την αποκλειστική χρήση του νέου κτιρίου από το Τμήμα Νοσηλευτικής του Πανεπιστημίου Αθηνών.
«Λόγω της στενότητας των χώρων ο Ευαγγελισμός δε μπορεί να παραχωρήσει ούτε σπιθαμή από χώρους του. Η παραχώρηση αυτή θα δημιουργήσει νέα προβλήματα αφού στα κτίρια αυτά λειτουργούν ήδη πολλές υπηρεσίες και Τμήματα του Νοσοκομείου και στεγάζονται κοιτώνες για προσωπικό με ιδιαίτερα οικονομικά προβλήματα. Κανείς άραγε δεν σκέφτηκε τις ανάγκες που ήδη υπάρχουν στον Ευαγγελισμό από έλλειψη χώρων για πλήθος προβληματικές δραστηριότητες του Νοσοκομείου; (…) Επίσης, κανείς δεν σκέφτηκε τις ανάγκες που θα υπάρξουν στο άμεσο και απώτερο μέλλον με τις αυξανόμενες διαρκώς εξελίξεις τις ιατρικής που απαιτούν παράλληλα την εγκατάσταση νέων εξοπλισμών και Τμημάτων. Για παράδειγμα, ήδη δεν υπάρχει χώρος εγκατάστασης του δεύτερου Μαγνητικού Τομογράφου που εξασφάλισε για το Νοσοκομείο η Περιφέρεια Αττικής» είχαν αναφέρει σε ανακοίνωσή τους οι εργαζόμενοι.
Το Ιδρυμα Σταύρος Νιάρχος πραγματοποίησε, όπως αναφέρει, εκτεταμένες συζητήσεις με το υπουργείο Υγείας και τους αρμόδιους φορείς τονίζοντας τη σπουδαιότητα του συγκεκριμένου έργου, με δεδομένη την αξία της Νοσηλευτικής και την ενίσχυση και ανάπτυξη της παγκοσμίως.
Το Ιδρυμα πρόσθεσε ότι «η ακύρωση αυτή δεν επηρεάζει την πρόοδο όλων των υπολοίπων έργων που εντάσσονται στο πλαίσιο της πρωτοβουλίας για την Υγεία, ούτε και τη δωρεά εξοπλισμού στο ίδιο νοσοκομείο, που προχωρά κανονικά».