Η μονή του Όρους Σινά είναι, χωρίς αμφιβολία, ένα από τα παλαιότερα οχυρωμένα κοινοβιακά μοναστήρια, με συνεχή παρουσία και εξέλιξη από τον έκτο αιώνα μέχρι σήμερα. Η κατασκευή τόσο των καλοδιατηρημένων τειχών της όσο και της κύριας εκκλησίας της μονής αποδίδεται από επιτόπιες επιγραφές και γραπτές πηγές στον αυτοκράτορα Ιουστινιανό. Περίπου δύο αιώνες πριν από αυτό η ευρύτερη περιοχή γύρω από το βουνό του Μωυσή είχε ήδη γίνει καταφύγιο για ερημίτες.
Προσκυνητής που είχε επισκεφθεί τη χερσόνησο πιθανότατα γύρω στο 383-384, ανέφερε ότι οι ερημίτες που ζούσαν κοντά στο ιερό της βιβλικής καμένης βάτου είχαν έναν όμορφο κήπο με πηγάδι, πολλά κελιά και μια εκκλησία, τα οποία αργότερα περιβλήθηκαν από την οχυρωμένη αυλή της Μονής του Σινά.
Το μόνο σωζόμενο κτίσμα, από αυτά τα αρχικά ελεύθερα κτίρια, είναι ένας τετράγωνος πύργος, στον οποίο οι μοναχοί αποσύρονταν κατά τη διάρκεια επιδρομών. Η παράδοση του Σινά, η οποία αποδίδει την κατασκευή του στην Αγία Ελένη ή τουλάχιστον στην εποχή του προσκυνήματός της στην Παλαιστίνη (γύρω στο 326), είχε διατηρήσει μέχρι τις μέρες μας την ακριβή θέση του εντός της Μονής. Αυτός πρέπει επίσης να είναι ο ίδιος πύργος που αναφέρεται στην Έκθεση του μοναχού Αμμωνίου, ο οποίος τον συνδέει με τους Σαράντα Μάρτυρες του Σινά, γύρω στο έτος 373.
Με βάση δομικές λεπτομέρειες καθώς και στοιχεία που προέρχονται από τη μεταγενέστερη, αλλά ακόμη αξιόπιστη, αναφορά του Πατριάρχη Αλεξανδρείας Ευτυχίου (933-944), η σύγχρονη έρευνα πιστοποιεί ότι ο πρώτος μικρός ναός της Θεοτόκου, το λεγόμενο κυριακό των ερημιτών, βρισκόταν μέσα σε αυτόν τον πύργο του τέταρτου αιώνα, στο χώρο που σήμερα στεγάζει το παρεκκλήσι της Κοιμήσεως της Θεοτόκου. Οι μέγιστες διαστάσεις του οχυρωμένου περιβόλου του Ιουστινιανού ήταν περίπου 76 x 90 μέτρα. Ανεγέρθηκε στο ανατολικό άκρο της “Κοιλάδας της Μονής” (Wadi el Deir).

Η θέση αυτού του περιβόλου, που επιβλήθηκε από το προϋπάρχον ιερό και τον πύργο, ήταν μάλλον δυσμενής από άποψη τοποθέτησης και ασφάλειας. Οι τοίχοι, το πάχος των οποίων κυμαίνεται από 1,80 έως 2,20 μέτρα, διατηρούν ακόμη σε πολλά σημεία τις αρχικές πολεμίστρες και το στηθαίο.
Στη θέση των πύργων, τα τείχη είχαν μικρές προεξοχές στα άκρα και στη μέση της νότιας πλευράς, καθώς και στο βόρειο άκρο της δυτικής πλευράς. Στο εσωτερικό τους είχαν δημιουργηθεί μικροί θολωτοί χώροι, ένας από τους οποίους μάλιστα χρησίμευε ως παρεκκλήσι. Στο μέσον της ανατολικής πλευράς προστέθηκε αργότερα ένας μεγάλος ορθογώνιος πύργος, που στέγαζε εγκαταστάσεις υγιεινής, ενώ πρόσφατες έρευνες έφεραν στο φως τα υπολείμματα παρόμοιων, άγνωστων προηγουμένως πύργων στο μέσον της βόρειας πλευράς και στο βόρειο άκρο της δυτικής πλευράς του περιβόλου. Η κύρια είσοδος της Μονής βρέθηκε στο μέσο της δυτικής πλευράς, ενώ στοιχεία που υποδηλώνουν την ύπαρξη άλλων, μικρότερων δευτερευουσών πυλών μπορούν να βρεθούν και στις άλλες τρεις πλευρές. Στο κατώτερο επίπεδο ενσωματώθηκαν εργαστήρια, μαζί με τα δύο υπάρχοντα πηγάδια. Μια στέρνα για τη συλλογή του νερού της βροχής κατασκευάστηκε σε υψηλότερο επίπεδο στη νοτιοανατολική γωνία. Τα τείχη και άλλες ιουστινιάνικες κατασκευές κατασκευάστηκαν από γρανίτη που εξορύχθηκε από τις γύρω πλαγιές.
Ταυτόχρονα, εισήχθησαν από την Κωνσταντινούπολη μάρμαρο για τα προσκτίσματα, τα δάπεδα και το τέμπλο του Καθολικού, ορείχαλκος για την επένδυση των θυρών, μόλυβδος για τη στέγαση, σίδηρος και ξυλεία για τις στέγες, καθώς και γλυπτά διακοσμητικά πόρτες κ.λπ. . Ο Μαρτύριος, ο πνευματικός πατέρας του Αγίου Ιωάννη του Σινά, πιθανώς σχετιζόταν με τη διαχείριση των αυτοκρατορικών κονδυλίων που προορίζονταν για την προμήθεια των οικοδομικών υλικών, όπως μαρτυρούν οι πάπυροι της Nessana.
Η τρίκλιτη, ξυλόστεγη βασιλική του Σινά είναι ένα από τα λίγα παλαιοχριστιανικά κτίρια που σώζονται ανέπαφα. Διαθέτει πλατιά, προεξέχοντα παστοφόρια-καπέλα στα ανατολικά και μακριά, στενά πλευρικά κλίτη στα βόρεια και νότια, τα οποία οδηγούν σε μικρούς, τριώροφους πύργους στα δυτικά, χαρακτηριστικούς των συριακών εκκλησιών. Το ανατολικό δωμάτιο του βόρειου πλευρικού κλίτους ήταν αρχικά σκευοφυλάκιο και ίσως βιβλιοθήκη των λειτουργικών βιβλίων, ενώ ο αντίστοιχος κόλπος στα νότια ήταν θησαυροφυλάκιο. Δύο μακρόστενα δωμάτια στα πλευρικά κλίτη υποδιαιρέθηκαν στη συνέχεια και μετατράπηκαν σε παρεκκλήσια.
Η αρχική ξύλινη στέγη της βασιλικής σώζεται σχεδόν άθικτη και φέρει τρεις αφιερωματικές επιγραφές, η δυτικότερη από τις οποίες είναι ένα μνημείο για τον αρχιτέκτονα και διάκονο Στέφανο από την Αϊλά. Οι άλλες δύο αυτοκρατορικές αφιερωματικές επιγραφές στα δοκάρια της στέγης τοποθετούν με ασφάλεια την ημερομηνία κατασκευής μετά τον θάνατο της Θεοδώρας το έτος 548 και πριν από το 560, γεγονός που συμφωνεί με τις τρέχουσες απόψεις για τον χρόνο συγγραφής της πραγματείας Περί οικοδομών του Προκοπίου, του ιστορικού του Ιουστινιανού, όπου αναφέρεται ρητά η εκκλησία και το φρούριο. Το μοναστήρι διατηρεί το έτος 557 ως έτος ολοκλήρωσης του έργου κατά την παράδοση.
Είναι αξιοσημείωτο ότι η αραβική επιγραφή του 18ου αιώνα πάνω από τη δυτική είσοδο, κατέγραψε «το τριακοστό έτος» της βασιλείας του Ιουστινιανού ως ημερομηνία κατασκευής του φρουρίου. Παρόμοια με άλλες σύγχρονες βασιλικές που ανεγέρθηκαν από τον Ιουστινιανό στον βυζαντινό κόσμο, η νέα εκκλησία ήταν αφιερωμένη στη Θεοτόκο, αλλά ταυτόχρονα τιμούσε ιδιαίτερα και τον Προφήτη Μωυσή. Η ομάδα υπό τον ιερέα Θεόδωρο που ανέλαβε τον ψηφιδωτό διάκοσμο της αψίδας του βήματος ήταν πιθανότατα από την Κωνσταντινούπολη, γεγονός που υποδηλώνει ότι το διακοσμητικό πρόγραμμα ξεκίνησε αμέσως μετά την ανέγερση του ναού. Οι καλλιτέχνες ίσως καθοδηγήθηκαν για την ερμηνεία των πολλαπλών θεολογικών εννοιών από τον διάκονο Ιωάννη, ο οποίος απεικονίζεται σε μικρό δίσκο. Η σύγχρονη έρευνα έχει αποκαταστήσει την ταυτότητά του ως Ιωάννη του Σινά, γνωστού ως Ιωάννη της Σκάλας.

Οι παραδοσιακοί χώροι του Σκευοφυλακίου της Μονής
Το σύγχρονο σκευοφυλάκιο, όπου από το 2001 εκτίθενται επιλεγμένοι θρησκευτικοί θησαυροί από τις συλλογές της μονής, στεγάζεται μόνο στον πρώτο όροφο του κτιριακού συγκροτήματος στη βορειοδυτική γωνία. Στο παρελθόν, ο χώρος αυτός ήταν γνωστός ως Σκευοφυλάκια και στέγαζε στο ισόγειό του αποθηκευτικούς χώρους τόσο για το Καθολικό όσο και για τα παρεκκλήσια, ενώ στον πρώτο όροφο στεγαζόταν ενδεχομένως η κατοικία του Σκευοφύλακα.
Η παλαιότερη οικοδομική φάση αυτού του χώρου χρονολογείται στα πρώτα χρόνια της Μονής (6ος αιώνας), όταν χτίστηκε μια διώροφη στοά από γρανιτόλιθους κατά μήκος του βόρειου τοίχου. Ένα μεγάλο τμήμα αυτής της πεντάτοξης στοάς σώζεται στο κατώτερο τμήμα του χώρου, σχηματίζοντας αρχικά έναν μακρύ, δίκλιτο χώρο, καλυμμένο με ξύλινο δάπεδο. Ο P. Grossmann συμφώνησε οξυδερκώς ότι η αρχική λειτουργία αυτού του δίκλιτου χώρου πρέπει να ήταν η στέγαση της τραπεζαρίας του μοναστηριού για ένα σύντομο χρονικό διάστημα. Η άποψη αυτή υποστηρίζεται περαιτέρω από την ύπαρξη ενός προπύλου στη βόρεια είσοδο του νάρθηκα της βασιλικής, μέσω του οποίου η «πομπή» των μοναχών έφτανε στην τράπεζα.
Στο ανώτερο επίπεδο, στο εσωτερικό του χώρου του σκευοφυλακίου που σώζεται μέχρι σήμερα, σώζονται ένα διαμήκες και ένα εγκάρσιο τόξο του αρχικού κτιρίου, ενώ η αρχική τους λειτουργία παραμένει ασαφής. Οι δύο (προηγουμένως τρεις) όροφοι πιο πάνω αποτελούνταν από μικρά δωμάτια και προέκυψαν από την ανύψωση του πρώτου ιουστινιάνειου τείχους κατά τον 15ο αιώνα- στη συνέχεια υπέστησαν αρκετές διαδοχικές επισκευές. Χτίστηκαν από πλίνθους στο μεγαλύτερο μέρος τους. Η σημερινή τους μορφή φαίνεται να ανήκει σε μια επισκευή του χώρου και των τοίχων που πραγματοποιήθηκε από τον Οικονόμο Ιάκωβο το 1840. Σε κάθε περίπτωση, στο δυτικό τμήμα της περιοχής αυτής σώζονται αρκετά από τα αρχικά μικρά δωμάτια, χτισμένα από παραδοσιακή πέτρινη ή πλινθόκτιστη τοιχοποιία, συνήθως καλυμμένα με ξύλινα δάπεδα ή σπανιότερα με τοιχοποιία με βαρελότο.
Δυστυχώς, το ανατολικό τμήμα της περιοχής αυτής καταστράφηκε από πυρκαγιά το 1971 και στη συνέχεια ανοικοδομήθηκε με σύγχρονα υλικά. Παρόλα αυτά, αρκετά στοιχεία για την ιστορία της κατασκευής του βρίσκονται στην έκδοση του Ι. Δημακόπουλου το 1979, και αυτά δείχνουν ότι το τμήμα του σκευοφυλακίου που ανοικοδομήθηκε ήταν παρόμοιο στη δομή με το δυτικό του τμήμα, και έτσι μπορεί να χρονολογηθεί με ασφάλεια στη μεταβυζαντινή περίοδο.
