Για επιστροφή τυχόν αχρεωστήτως καταβληθέντων ποσών τέλους επιτηδεύματος, οι φορολογούμενοι υποβάλλουν έγγραφο αίτημα στις ΔΟΥ και εκδίδεται νέο εκκαθαριστικό σημείωμα, χωρίς την επιβολή κυρώσεων, εφόσον η αξίωση επιστροφής δεν έχει παραγραφεί.
Ειδικά, για επιστροφή του τέλους επιτηδεύματος από 2015 και μετά, οι φορολογούμενοι μπορούν μέσα σε δύο μήνες να υποβάλλουν ηλεκτρονικά τροποποιητική δήλωση χωρίς να τους επιβληθούν κυρώσεις. Όλα αυτά ισχύουν και για τη διαγραφή του τέλους επιτηδεύματος, που θα βεβαιωθεί με τις δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος του φορολογικού έτους 2018. Για έναρξης εργασιών προ του 2008 οι φορολογούμενοι προσέρχονται αποκλειστικά στη ΔΟΥ προσκομίζοντας και τη βεβαίωση έναρξης εργασιών.
